با عزل بنی صدر، شرایط در جبهه های نبرد متحول گردید، به گونه ای که عملیات نسبتاً بزرگی، در همان شب عزل وی در جبهه های جنوب با رمز فرماندهی کل قوا خمینی روح خدا انجام گرفت که به پیروزی منجر شد. این پیروزی سرآغاز طراحی عملیات های مشترک ارتش و سپاه با پشتیبانی نیروهای مردم گردید. از طرف دیگر، آمریکا با از دست دادن مهره مؤثر خود یعنی بنی صدر، گروه های سیاسی مخالف انقلاب را وادار کرد که علیه نظام اسلامی ایران وارد جنگ مسلحانه شوند. این حرکت نیروهای مخالف که به طور عمده در دانشگاه تهران تجلی یافته بود، منجر به صدور فرمان انقلاب فرهنگی در دانشگاه ها از سوی امام قدس سره گردید؛ و با خلع بنی صدر و انتخاب شهیدان رجایی و باهنر ایران از نظر سیاسی یکپارچه گردید.
تنها پس از گذشت یک ماه از شهادت شهیدان رجایی و باهنر، بزرگترین عملیات مشترک ارتش و سپاه تحت عنوان ثامن الائمه آغاز شد. پیروزی های پی در پی منجر به تقویت روح وحدت ملی در کشور گردید و عملاً حضور ضد انقلاب در ایجاد درگیری ها کاهش یافت و در پی آن ثبات ساختار سیاسی و اقتصادی جلوه گر شد. در این اثنا رزمندگان اسلام به طراحی عملیات بزرگ دیگری در اولین شب سال 1361، با نام فتح المبین( 2)دست زدند. متعاقب این عملیات اولین گردان های تانک، توپخانه و پدافند هوایی و مهندسی از غنایم به دست آمده شکل گرفت.
عراق در پی شکست های متوالی، داعیه صلح خواهی و آتش بس را سرداد در حالی که منتظر حرکت رزمندگان در یک تهاجم بزرگ برای فتح خرمشهر بود. سپاهیان اسلام با یک تدبیر ماهرانه و توکل بر خدا از چند محور کارون و جاده اهواز – خرمشهر عملیات خود را طی سه مرحله آغاز و سرانجام در سوم خرداد سال 1361، وارد خرمشهر شدند. حرکت رزمندگان در این منطقه منجر به پاکسازی کامل مناطق جنوبی از نیروهای عراقی گردید.
بدین ترتیب با فتح خرمشهر، دوره دوم جنگ که در طی آن امریکا به صورت مستقیم وارد صحنه نبرد گردید، آغاز شد
